出了仪门，就进人了第三进的礼亭。礼亭是古代官员拜祭南海神的地方。这是一座木结构建筑，单糖歇山顶，面阔与进深各3间。

　　第三进中最引人注目的是庭园西侧的康熙御碑亭。碑上“万里波澄”四个金自大字豪迈奔放，在阳光的映照下熠熠生辉。这是清康即四十二年 (1703年)由康熙皇帝亲笔书写，制成愿之后派号人送到南海神庙，并专门为此而立碑记f。庭园东侧是明洪武御碑。该碑立于洪武三年 (1370年)，由明太祖朱元璋授意，礼部侍郎王玮撰文。朱元璋因繁就简，取消南海神庙以往一切封号，重新加封南海神为 “南海之神”。

　　这两块御碑前各栽种的一株古木棉树，据说已有二三百年的历史了。在古代，南海神庙树木葱茏，光是木棉树就有10多株。岭南著名诗人屈大均当年就曾在《广东新语》一书中将南海神庙的木棉树比喻为 “十丈珊瑚”。现在的两株当然是后人补种的。由于栽种历史年代久远，它们均被列为广州的古树名木。