礼亭的背后是南海神庙中规格最高，也是最重要的建筑物。

　　大殿是南海神庙的第四进。它是仿明代木结构琉璃瓦歇山顶建筑。屋顶用绿色的琉璃瓦覆盖;中间有双凤飞翔、鳌色倒悬等纹饰的琉璃瓦脊;上部有两条躯体弯曲作腾飞疾走状的苍龙造型，它正在争夺当中的宝珠。抿说，双凤代表美丽，鳌鱼代表目由，苍龙代表权力，而宝珠代表智慧。

　　大殿正中安放了连座3，8米高的南海神祝融。他头戴王冠，身着龙袍，手执玉圭，体态丰硕，神情却十分端庄，一派和蔼的王者风度。

　　大殿左右两旁有六侯塑像。据说这六个人都是为南海神治理海上风云而各自立下大功的，因此在 “多神教”的道教寺庙中争得立足之地。他们分别是达奚司空为助利侯、杜公司空为助惠侯、巡海曹将军为济应侯、巡海提点使为顺应侯、王子一郎为辅灵侯、王子二郎为赞宁侯。

　　大殿东侧还有一面著名的东汉大铜鼓和一个明代的铁钟。铜鼓直径138厘米，高71.4厘米，厚0.4至0.6厘米，是一件极为珍贵的文物，仅次于广西、上海的大铜鼓，在中国现存大铜鼓中排位是第三。它是东汉时期铸造，鼓面正中太阳芒纹，鼓边原镶有6只铜蛙，不知怎的现已失散殆尽。其鼓身有圆形的方孔钱纹和云纹。大铜鼓是古越族人祭祖的重要礼器，代表着权力和地位。这面铜鼓除在神诞庆典中使用之外，据说它还有镇妖、定海的作用。

　　祝融像的背后有一块照壁，浩荡的海水上有一条龙腾云驾雾，两边有对联:“顺水千舟朝洪圣;伏波万里显真龙。”