六祖堂在痉发塔的旁边，建于北宋真宗年间，是为纪念六祖孙惠能而修建的。堂内有座六祖惠能的雕像，为近年所雕，神态安祥，表情中充满了智慧。而在六祖堂前还有一只大木鱼，木鱼为佛教法器之一，剖木为鱼形，中凿空洞，扣之作声，鱼头是朝外的。按佛寺里的规定，只有十方丛林才能将鱼头朝外，由此可见光孝寺地位之高。木鱼是和尚们做法事诵经时撞击用的法器。又因为鱼日夜都不会合眼，所以专意用它来警醒众僧，白天黑夜都不要忘记修行，才能“以至于道”。