经历了南汉理学千秋寺、兰园和海幢寺变迁之后，到了清康熙五年(1666年)，僧人池月、今天得到官方资助建成大雄宝殿。该殿宽35米、高7．5米。还在其右角建了地藏阁，并铸幽具大铁钟。次年又大兴土木建起了藏经阁、天王殿、韦驮殿、伽蓝殿等。而藏经阁比大雄宝殿更加雄伟。阁宽45米，碧瓦朱薨，侵霄烁汉，蔚为壮观。此后这里又相继建成了丛观、西禅、镜空、松雪、悟闲、画祥等堂字及其他僧舍、亨一和宫等23座建筑。并将早期建的佛堂和准提堂改成客堂，环以回廊。

　　当时的海幢寺规模宏大、殿堂林立，为广州四大佛教丛林之冠，名副其实。这有康熙年间所刻《鼎建碑》中记载的海幢八景为证：花田春晓、古寺参云、珠江破月、飞泉卓锡、海日吹霞、江城夜而、石蹬丛兰、竹筠幽钟。后来出版的《羊城古钞》更将海幢寺称之为宏敞庄严的岭南推刹。

　　18世纪是海幢寺的全盛时期，寺院规模超过现寺的三倍。由于寺院北临珠江，南倚万松岭，加之风景秀丽，环境幽雅，因此清真寺嘉庆十一年(1806年)寺院被辟为夷人(外国人)的游览区，开了广州专门为外国人开辟游览区之先河。

　　清末海幢寺开始衰落，至民国初年全寺就只剩下天王殿、大雄宝殿和塔殿了。